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中國科學院上海巴斯德研究所的定位與目標是揭示重大傳染病病原體持續感染致病機制、免疫保護機制與免疫病理機制，**免疫治療的共性技術瓶頸問題，形成重大傳染病的診斷、預防、治療解決方案。依托巴斯德國際網絡聯盟，服務國家、區域、全球傳染病防控需求，建成傳染病防控領域中特色鮮明的標桿式國際化研究所。上海巴斯德所致力于在病原體持續性感染分子機制及治療策略、重大傳染病中免疫應答與免疫失衡的機理研究、傳染性疾病基因工程疫苗及抗體的研發等方面****出破。重點發展蟲媒病毒性傳染病的分子機制、新型病原體發現的綜合鑒定技術及重大傳染病小型動物模型的建立、以結構生物學為基礎的新型疫苗和抗體設計、重要病原免疫信號網絡的關鍵節點研究、應用影像學等技術研究感染條件下免疫細胞與局部組織之間的實時作用揭示免疫調節的新機制、新原理等五個前沿領域。